A napvitorla egyik leggyakoribb hátránya a korlátozott szélállóság. Bár a napvitorlák anyaga tartós, nagyobb szélterhelés esetén a rögzítési pontokra jelentős erő hat, ami az anyag kifesléséhez vagy a rögzítők sérüléséhez vezethet. Ez akkor igaz, ha a napvitorla nagy felületű, vagy nem megfelelően van rögzítve. Szeles helyeken érdemes extra stabil rögzítési megoldásokat alkalmazni, vagy olyan anyagot választani, ami jobban bírja a szél terhelését. Időjárási viharok esetén akár le is lehet szerelni a vitorlát, ami csak némi többletmunkát jelent.
A napvitorlák másik korlátozottsága a vízállóság és a vízáteresztés közötti választás szükségessége. A vízáteresztő napvitorlák jobban szellőznek, de esőben nem nyújtanak teljes védelmet, míg a vízálló típusok védelmet biztosítanak az eső ellen, de hajlamosak a vízgyűjtő zsebek kialakulására, ha a dőlésszögük nem megfelelő. A vízálló anyagok szellőzés szempontjából kevésbé hatékonyak, ami meleg időben hőpangást okozhat az alattuk lévő területen.
Az árnyékolási képesség is változó lehet a nap állása miatt. A napvitorla fix helyzetű, így nem követi a nap mozgását, ami azt jelenti, hogy a nap bizonyos szakaszaiban nem ad teljes árnyékot. Ez zavaró lehet akkor, ha a nap éppen alacsony szögben süt, például reggel vagy késő délután.
A karbantartás és tisztítás igénye szintén hátrány lehet. Bár a napvitorlák viszonylag alacsony karbantartási igényűek, idővel bepiszkolódhatnak, különösen, ha közel vannak egy fához, ahol levelek, madárürülék vagy más szennyeződés érheti őket. Az anyag tisztítása akkor nehézkes, ha a vitorla nehezen hozzáférhető helyen van, egyébként vízsugárral könnyen tisztítható.
A korlátozott élettartam is egy olyan tényező, amit érdemes figyelembe venni. A napvitorlák anyaga idővel elhasználódik, az olcsóbb anyagok gyorsabban elveszítik az UV-szűrő képességüket, kifakulnak vagy elszakadnak. Ezért érdemes prémium minőségű napvitorlát választani, ami hosszabb élettartamú, bár ez valamivel nagyobb kezdeti beruházást igényel.